Identificación de las bacterias PGPR mediante bioinformática

Esta entrada corresponde a la sexta y última sesión experimental del proyecto de investigación PIIISA “Biofertilizantes con sabor a aceite de oliva: aislamiento de bacterias promotoras del crecimiento vegetal (PGPR) de composts de “alperujo”.

Si recordamos de la sesión anterior, nos quedamos con 4 aislados bacterianos que presentaban propiedades PGPR, concretamente las cepas 1, 2, 7 y 9. Extrajimos su ADN, amplificamos el gen 16S rRNA y lo mandamos a secuenciar. Estos son los resultados:

Cepa 1 >ttcgggttgtaaagcacttttgtccggaaagaaaacttcgccgccaataccggtggaggatgacggtaccggaagaataagcaccggctaactacgtgccagcagccgcggtaatacgtagggtgcgagcgttaatcggaattactgggcgtaaagcgtgcgcaggcggttcgctaagaccgatgtgaaatccccgggcttaacctgggaactgcattggtgactggcgggctagagtatggcagaggggggtagaattccacgtgtagcagtgaaatgcgtagagatgtggaggaataccgatggcgaaggcagccccctgggccaatactgacgctcatgcacgaaagcgtggggagcaaacaggat

Cepa 2

>ccagaaagccacggctaactacgtgccagcagccgcggtaatacgtaggtggcaagcgttatccggaattattgggcgtaaagcgcgcgcaggcggtttcttaagtctgatgtgaaagcccacggctcaaccgtggagggtcattggaaactggggaacttgagtgcagaagagaaaagcggaattccacgtgtagcggtgaaatgcgtagagatgtggaggaacaccagtggcgaaggcggctttttggtctgtaactgacgctgaggcgcgaaagcgtggggagcaaacaggattagataccctggtagtccacgccgtaaacgatgagtgctaag

Cepa 7

>gagtttgatcctggctcagagcgaacgctggcggcatgcttaacacatgcaagtcgcacgaacctttcggggttagtggcggacgggtgagtaacgcgtagggatctgtccatgggtgggggataactccgggaaactggagctaataccgcatgacacctgagggtcaaaggcgcgagtcgcctgtggaggaacctgcgttcgattagctagttggtggggtaaaggcctaccaaggcgatgatcgatagctggtctgagaggatgatcagccacactgggactgagacacggcccagactcctacgggaggcagcagtggggaatattggacaatgggcgcaagcctgatccagcaatgcc

Cepa 9

>atccagccatgccgcgtgtgtgaagaaggtcttcggattgtaaagcactttaagttgggaggaagggcagtaagttaataccttgctgttttgacgttaccgacagaataagcaccggctaacttcgtgccagcagccgcggtaatacgaagggtgcaagcgttaatcggaattactgggcgtaaagcgcgcgtaggtggttcgttaagttggatgtgaaagncccgggctcaacctgggaactgcatccaaaactggcgagctagagtatggccagaggtgttggaatttcctgtgtagcggtgaaatgcgtagatantaggaaggaacacccctggggagtacggccgcaaggttaaaactcaaatgaattgacgggggcccgcacaagcggtggagcatgtggtttaattcgaagc

Este es el aspecto del gen que nosotros hemos amplificado y que todas las bacterias tienen:

Gen 16S rRNA

BioinformaticaPIIISA

Pues con los datos de esas secuencias, fuimos a la Sala de Usuarios de Informática que hay en la Estación Experimental del Zaidín (EEZ-CSIC). Con los ordenadores, nos metimos en la web www.ezbiocloud.net, que es un repositorio de secuencias de cepas tipo de bacterias y hongos de libre acceso. Después de darnos de alta en la web, nos metimos en la sección EzTaxon, en la opción de Identify. Copiamos y pegamos las secuencias, ¿que saldrá?

www.ezbiocloud.net www.ezbiocloud.net www.ezbiocloud.net

Los resultados son muy interesantes:

  • Cepa 1 (Burkholderia phymatum)
  • Cepa 2 (Bacillus aryabhattai)
  • Cepa 7 (Gluconacetobacter diazotrophicus)
  • Cepa 9 (Pseudomonas stutzeri)

 

Después de eso, hemos buscado un poco por las bases de datos científicas y hemos visto que todas las cepas identificadas están descritas como bacterias PGPR, incluso hay algunas que tienen su genoma completo secuenciado. Hay algunas bacterias muy conocidas y usadas como biofertilizantes como Gluconacetobacter diazotrophicus y Pseudomonas stutzeri. Otras son fijadoras de nitrógeno que forman simbiosis con leguminosas (¿será Burkholderia phymatum la bacteria que nodulaba las plantas de judía de nuestro segundo experimento?

Pseudomona

¡Muy bien hecho chicos, habéis hecho un muy buen trabajo!

 

Como toda investigación científica que se precie, cuando se termina empiezan muchos otros caminos de estudio que seguir. Tendremos que seguir probando cosas como ¿realmente tienen esas propiedades?, ¿al aplicarlas a las plantas estas mejoran su rendimiento?, ¿pueden tener otras propiedades PGPR como control de enfermedades producidas por hongos?, ¿habrá otras bacterias presentes en el compost con propiedades similares?…

Pero eso ya lo veremos en el siguiente proyecto PIIISA…

Deja un comentario

Tu dirección de correo electrónico no será publicada. Los campos obligatorios están marcados con *

*