El principal destino del compost siempre es el suelo, ya sea como abono, sustrato de cultivo o como enmienda. Por eso, es imprescindible controlar y optimizar el proceso de compostaje para obtener compost de alta calidad, exento de contaminantes físicos, químicos e incluso microbiológicos. Aunque existe legislación que define las propiedades mínimas necesarias de un compost según su uso, los criterios biológicos requeridos son escasos. Por contra, cada vez hay más certeza de que la microbiota del compost es una pieza clave de su funcionalidad, tanto como fertilizante, bioestimulante o como también de control microbiano de patógenos. Una alta diversidad de hongos, bacterias y también de virus, es imprescindible para que el compost sea una fuente de materia orgánica activa beneficiosa, que interaccione positivamente con la planta y con el suelo, mejorando la calidad biológica de este.